با ادامه اعتراضات مردم با دو مهاجرت و نیز خواسته مردم مبنی بر عزل عین‌الدوله و همچنین اندیشه تأسیس مجلس شورای ملی در افکار مردم شاه مجبور به برکناری عین‌الدوله شد و با تأسیس مجلس موافقت کرد.
پس از تهیه نظامنامه انتخابات و امضای آن بوسیلة شاه انتخابات مجلس در شهریور 1285 هـ .ش برگزار شد و نخستین مجلس مشروطه در مهر ماه همان سال گشایش یافت این مجلس نوشتن قانون اساسی رابه کمیته‌ای منتخب واگذار کرد. این کمیته به سرعت با بهره‌گیری از قوانین اساسی بلژیک و فرانسه قانون فراهم آورد و به امضای شاه رساند. شاه بیمار اندکی بعد از امضای قانون اساسی درگذشت ومحمد علی شاه به سلطنت رسید.
در این زمان، اهداف و ماهیت جناحهای مختلف آشکار می‌شد. بعضی از روزنامه‌های نوظهور مقدسات مذهبی مردم را مورد حمله قرار می‌دادند گروهی از روحانیون تهران به رهبری شیخ‌فضل‌ا… نوری به منظور رویارویی با این تحرکات، مشروطه خواهان را به باد انتقاد گرفتند و با تجمع در حرم حضرت عبدالعظیم خواستار مشروطة مشروعه شدند.
در زمان محمد علی شاه متمم قانون اساسی تدوین شد و به امضای شاه رسید. این متمم که در آن حق نظارت پنج مجتهد بر قوانین در نظر گرفته شده بود. به اصرار روحانیانی مانند شیخ فضل‌ا… شکل گرفت.
محمد علی شاه برای رویارویی با مشروطه خواهان در پی بهانه بود و دولت روسیه نیز به عنوان حامی در کنار او قرارداشت. حمله به کالسکة شاه که برخی از مورخان آن را نقشه دربار شمرده‌اند بهانه‌ای مناسب در اختیار شاه نهاد. او در دوم تیر ماه 1287 هـ .ش به پیشنهاد لیاخوف فرمانده روسی قزاق‌ها فرمان حمله به مجلس را صادر کرد. هر چند در ظاهر همه چیز به سود شاه تمام شد ولی سرانجام مقاومت علمای نجف که در فتوای خود به دفاع از نهضت و سرزنش محمد علی شاه پرداختند تلاش ستارخان و باقرخان به فتح تهران و برکناری محمد علی شاه و به قدرت رسیدن فرزند دوازده ساله‌اش انجامید.
پس از آن، افول مشروطه آغاز شد حضور روسها در شمال و انگلیسیها در جنوب کشور و مداخلات بی‌اندازة آنها که موجب ضعف قدرت مرکزی می‌شد. اعتماد به مخالفان مشروطه مانند عین‌الدوله، قدرت یافتن مجدد فرصت‌طلبان، خانها و اشراف قدیمی، آغاز جنگ جهانی اول، قحطی‌های وسیع، عدم موفقیت دولت در تأمین امنیت و معیشت مردم و ناخشنودی فراگیر ملت، زمینه را برای ظهور دوبارة استبداد فراهم ساخت.